Theo Chiến lược phát triển Khoa học và Công nghệ (KH&CN) giai đoạn 2011-2020, mục tiêu đến năm 2015 sẽ có ba nghìn doanh nghiệp KH&CN, đến năm 2020 sẽ có năm nghìn doanh nghiệp KH&CN. Nhưng hiện nay, các chính sách ưu đãi dành cho doanh nghiệp KH&CN còn hạn chế, trùng lặp, nhất là gặp nhiều rào cản từ cơ chế, chính sách, cho nên, tính đến cuối năm 2015, cả nước mới có 204 doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp KH&CN.
Theo Bộ KH&CN, hiện nay cả nước có gần ba nghìn doanh nghiệp đủ điều kiện, nhưng không đăng ký để được cấp giấy chứng nhận là doanh nghiệp KH&CN. Thứ trưởng KH&CN Trần Văn Tùng cho rằng, nguyên nhân chính do nhiều doanh nghiệp chưa nắm rõ những ưu đãi, hỗ trợ khi trở thành doanh nghiệp KH&CN. Nhất là đa số các doanh nghiệp đủ điều kiện lại là những doanh nghiệp trong lĩnh vực về công nghệ thông tin, những ưu đãi được hưởng lại giống nhau, cho nên họ không đăng ký. Ngoài ra, tiêu chí để xác định là doanh nghiệp KH&CN chưa mở rộng đối tượng. Bên cạnh đó, các Sở KH&CN còn thiếu chuyên gia thẩm định, phê duyệt hồ sơ, đề ra những thủ tục hành chính phức tạp, khiến doanh nghiệp e ngại.
Đánh giá từ nhiều doanh nghiệp cho thấy, ngay cả khi trở thành doanh nghiệp KH&CN thì cũng khó nhận được các ưu đãi theo quy định. Theo điều 10, Nghị định số 80/2007/NĐ-CP ngày 19/5/2007, rất ít doanh nghiệp KH&CN có thể nhận được ưu đãi về thuế thu nhập khi đáp ứng điều kiện: Doanh thu của các sản phẩm, hàng hóa hình thành từ kết quả KH&CN trong năm thứ nhất từ 30% tổng doanh thu trở lên, năm thứ hai từ 50% tổng doanh thu trở lên, năm thứ ba trở đi từ 70% tổng doanh thu trở lên. Đối với các ưu đãi về tín dụng, đến nay chưa có doanh nghiệp KH&CN nào được hưởng các chính sách ưu đãi về tín dụng đầu tư của Ngân hàng Phát triển Việt Nam, Quỹ phát triển KH&CN và các quỹ khác theo quy định của pháp luật để thực hiện dự án đầu tư sản xuất, kinh doanh. Ngoài ra, doanh nghiệp KH&CN chưa được hưởng ưu đãi về đất đai, các vấn đề khi thương mại hóa sản phẩm cũng gặp nhiều khó khăn trong việc công nhận sản phẩm mới, tiếp cận thị trường, đổi mới công nghệ. Hiện nay vẫn thiếu các quy chuẩn cho sản phẩm mới, khiến nhiều sản phẩm KH&CN chậm được đưa ra thị trường. Theo quy định pháp luật, sản phẩm mới phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền đánh giá và cấp phép lưu hành trên thị trường. Nhưng sản phẩm KH&CN luôn đổi mới, sáng tạo, nhiều sản phẩm chưa có quy chuẩn, tiêu chuẩn quy định về chất lượng, khiến các cơ quan Nhà nước lúng túng trong quá trình xem xét, cấp phép lưu hành. Nhiều doanh nghiệp đã gặp khó khăn khi muốn kinh doanh sản phẩm mới hoặc phải vi phạm pháp luật để kinh doanh, nếu không muốn bị phá sản. Mặt khác, chính sách thuế thường thay đổi, dẫn đến nhiều doanh nghiệp gặp khó trong kinh doanh. Một số sản phẩm mới lúc đầu không phải chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT), nhưng thời gian sau lại là đối tượng chịu thuế GTGT, không được khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào. Doanh thu giảm làm chính sách miễn, giảm thuế thu nhập cho doanh nghiệp KH&CN không còn nhiều ý nghĩa. Đây cũng là nguyên nhân khiến nhiều doanh nghiệp đủ điều kiện, nhưng không “mặn mà” đăng ký trở thành doanh nghiệp KH&CN.
Cục trưởng Phát triển thị trường và doanh nghiệp KH&CN Phạm Hồng Quất đánh giá, khó khăn lớn nhất đối với các doanh nghiệp hiện nay vẫn là vấn đề về vốn để nghiên cứu, sản xuất. Ít doanh nghiệp KH&CN có tài sản thế chấp cho các ngân hàng để vay vốn, chủ yếu cái họ có là tài sản trí tuệ. Do đó, cần có cơ chế cho doanh nghiệp KH&CN được thế chấp bằng dự án, sản phẩm, tài sản trí tuệ đã qua đánh giá của các nhà đầu tư, doanh nghiệp, thông qua các đơn đặt hàng. Ngân hàng dựa vào đó để đánh giá và cho vay với lãi suất ưu đãi thì các doanh nghiệp KH&CN mới có thể phát triển, đẩy mạnh sản xuất. Vừa qua, Thủ tướng đã đề nghị Bộ KH&CN phối hợp Ngân hàng Nhà nước Việt Nam xây dựng một gói tín dụng hỗ trợ đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa, để đầu tư phát triển KH&CN. Đây là tín hiệu tốt để các cơ quan Bộ KH&CN đề xuất một gói tín dụng riêng, có những cơ chế thuận lợi cho doanh nghiệp KH&CN, bao gồm cả những doanh nghiệp khởi nghiệp KH&CN. Còn với các ưu đãi về đất đai, tiền thuê đất hiện nay rất khó thực hiện, do quỹ đất không có nhiều. Nhưng nơi doanh nghiệp có thể sử dụng làm xưởng sản xuất đều nằm ở khu công nghiệp hoặc đã được giao, Nhà nước không thể thu hồi để giao cho các doanh nghiệp KH&CN. Cũng theo Cục trưởng Phạm Hồng Quất, sắp tới các doanh nghiệp KH&CN sẽ có những ưu đãi đặc biệt khi được giao, sử dụng các phòng thí nghiệm, cơ sở vật chất và những kết quả nghiên cứu có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước, cùng những cơ chế để thúc đẩy doanh nghiệp KH&CN phát triển.
Thứ trưởng KH&CN Trần Văn Tùng cho biết, hiện nay cả nước có khoảng mười nghìn doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực công nghệ thông tin, khá nhiều doanh nghiệp trong lĩnh vực phần mềm, doanh nghiệp khởi nghiệp trong lĩnh vực công nghệ… Nếu chúng ta tạo điều kiện và có các biện pháp để các doanh nghiệp đi đăng ký công nhận là doanh nghiệp KH&CN, thì mục tiêu đạt năm nghìn doanh nghiệp KH&CN vào năm 2020 hoàn toàn khả thi. Tuy nhiên, mục tiêu không phải là chạy theo số lượng, mà cần doanh nghiệp KH&CN có thực chất. Bởi vậy, cần quan tâm tới chất lượng hoạt động của các doanh nghiệp, đánh giá và xem lực lượng ấy đóng góp vào nền kinh tế thế nào. Nhất là doanh nghiệp KH&CN khi được công nhận, phải thật sự phát triển bền vững, tạo giá trị gia tăng để đột phá mô hình kinh tế mới.