Chứng cớ rõ nhất là trên các bản đồ của Trung Quốc. Không kể những tập bản đồ được vẽ sớm, đến tận thời kỳ triều Thanh trị vì vào những năm 1894, 1904, 1908 và dưới thời Trung Hoa dân quốc vào năm 1919 có hàng loạt bản đồ do Trung Quốc vẽ vừa được triển lãm rộng rãi, không hề có hai quần đảo Hoàng Sa (mà Trung Quốc gọi là Tây Sa) và Trường Sa (mà Trung Quốc gọi là Nam Sa) đã gây ấn tượng mạnh cho người xem cả trong và ngoài nước. Càng bất ngờ hơn khi trên bộ Atlas được in trong trong sách Trung Hoa Dân quốc Bưu chính dư đồ, xuất bản năm 1933 cũng hoàn toàn thiếu vắng hai quần đảo này. Như vậy là căn cứ trên những bản đồ chính thức này thì chí ít đến tận những năm 30 của thế kỷ XX, địa giới cực nam của Trung Quốc khi ấy chỉ là đảo Hải Nam. Điều này hoàn toàn phù hợp với tư liệu lịch sử do chính người Trung Quốc biên soạn, hoặc người phương Tây thuật lại sự từ chối bỏ chủ quyền trên hai quần đảo của người Trung Quốc.
Vào cuối thế kỷ XVII, một nhà sư Trung Quốc là Thích Đại Sán được chúa Nguyễn Phúc Chu mời đến Đàng Trong. Sau khi về nước ông đã cho xuất bản cuốn sách Hải ngoại ký sự vào năm 1695 kể về chuyến đi này. Trong tác phẩm của mình, nhà sư Trung Quốc đã nói rõ việc chúa Nguyễn tổ chức các đội binh thuyền ra Hoàng Sa và Trường Sa (mà ông gọi chung là Vạn lý Trường Sa) để “thu lượm vàng bạc, khí cụ của các thuyền hư hỏng dạt vào”1.
Trong tác phẩm Phủ Biên tạp lục, ngoài những căn cứ khẳng định chủ quyền của chính quyền chúa Nguyễn trên hai quần đảo (sẽ trình bày sau), Lê Quý Đôn còn cho biết một chi tiết nói quan chức nhà Thanh thừa nhận chủ quyền Việt Nam đối với Hoàng Sa và Trường Sa. Ông viết: “Tôi đã từng thấy một đạo công văn của quan chính đường huyện Văn Xương Quỳnh Châu [Hải Nam, Trung Quốc-VMG] gửi cho Thuận Hóa nói rằng: năm Kiền Long thứ 18 (1753) có 10 tên quân nhân xã An Vĩnh đội Cát Liềm (có thể là Cát Vàng, tức đội Hoàng Sa - VMG) huyện Chương Nghĩa, phủ Quảng Ngãi, nước An Nam, ngày tháng 7 đến Vạn Lý Trường Sa tìm kiếm các thứ, có 8 tên lên bờ tìm kiếm, chỉ để 2 tên giữ thuyền, bị gió đứt dây thuyền, dạt vào cảng Thanh Lan, quan ở đấy xét thực, đưa trả về nguyên quán. Nguyễn Phúc Chu sai cai bạ Thuận Hóa là Thức Lượng Hầu làm thư trả lời”2. Như vậy là chính quyền Quỳnh Châu sau khi biết rõ 2 người Việt là lính đang nhiệm vụ ở Hoàng Sa chẳng những không gây khó dễ hoặc trừng trị như đối với những kẻ “xâm phạm chủ quyền quốc gia”, mà còn tạo điều kiện để trở về nước. Thời điểm đó là vào giữa thế kỷ XVIII.
Trong khoảng thời gian hai năm 1895 - 1896 tại khu vực quần đảo Hoàng Sa liên tục xảy ra hai vụ đắm tàu. Một của Đức, con tàu mang tên Bellona và một của Nhật, tàu Imegi Maru. Cả hai tàu này đều mua bảo hiểm của Anh nên khi nghe tin dân Trung Quốc thừa cơ tàu bị nạn đã ra cướp bóc, công ty bảo hiểm và đại diện chính phủ Anh ở Trung Quốc đã yêu cầu phía Trung Quốc phải có trách nhiệm, nhưng họ đã từ chối với lý do: “…các đảo Paracels … không thuộc Trung Quốc… chúng không được sáp nhập về hành chính vào bất kỳ quận nào của Hải Nam …”3. Như vậy là nhà đương cục Hải Nam vô can với hậu quả của vụ cướp bóc, nhưng đồng thời sự kiện này cũng cho thấy, cho đến tận cuối thế kỷ XIX, nhà chức trách ở vùng đất cực nam của Trung Quốc hoàn toàn chưa có ý tưởng gì về chủ quyền của họ đối với Hoàng Sa (gần Trung Quốc hơn) chứ chưa nói đến Trường Sa (ở rất xa Trung Quốc).
Liên quan đến sự kiện này, một học giả Trung Quốc, ông Lý Lệnh Hoa thuộc Trung tâm Thông tin Hải dương Trung Quốc, có một nhận xét rất xác đáng trong tham luận đọc tại một hội thảo khoa học, xin được lược trích ra đây :
“Nói đến quyền lợi ở Nam Hải, chúng ta [Trung Quốc - VMG] thường thích nói một câu là: từ xưa đến nay thế này thế nọ, có lúc hứng lên còn thêm vào hai chữ “thiêng liêng”…nhưng chứng cứ thật sự có sức thuyết phục chính là sự kiểm soát thực tế. Anh nói chỗ đó là của anh, vậy anh đã từng quản lý nó chưa? Người ở đó có phục tùng sự quản lý của anh không? Có phải người khác không có ý kiến gì không? Nếu đáp án của những câu hỏi này đều là “có” thì anh thắng là điều chắc. Ở Nam Sa [tức Trường Sa - VMG], chúng ta đã không có được điều đó…
Vào thời nhà Thanh (đời Hàm Phong hoặc Đồng Trị), có một chiếc tàu hàng Pháp chở đồng đi qua vùng biển Tây Sa (tức Hoàng Sa - VMG) thì gặp cướp biển, bị cướp sạch. Theo quy tắc vận tải hàng hóa trên biển, họ phải đến gặp chính quyền sở tại để trình báo, đề nghị giúp bắt bọn cướp, đồng thời xin chính quyền nơi đó xác nhận làm bằng cứ để khi về báo cáo với chủ hàng và đòi hãng bảo hiểm bồi thường. Viên thuyền trưởng đưa tàu chạy đến cảng gần nhất là Du Lâm ở đảo Hải Nam, trình báo với tri phủ (có lẽ là tri huyện) địa phương.
Viên quan địa phương đó nói với thuyền trưởng rằng: “Nơi chúng ta đứng đây có tên là Thiên Nhai Hải Giác (chân trời góc biển). Đất của Thiên triều đến đây là hết rồi. Chuyện ông bị cướp ngoài biển biết là ở chỗ nào? Ông bị cướp, chúng tôi không chịu trách nhiệm, không quản được và cũng không muốn quản”.
Thế rồi tống cổ vị thuyền trưởng bị cướp ra khỏi nha môn. Nhưng sự kiện đó cần phải có cái kết, nếu không về nước biết ăn nói ra sao? Viên thuyền trưởng đành phải cho tàu chạy vào cảng Hải Phòng. Quan chức địa phương ở đó rất tốt, xác nhận cho ông ta, lại còn cho tàu ra chạy lòng vòng, coi như đã truy bắt cướp.
Đó là chứng cứ gì? Đó chính là chứng cứ về kiểm soát và quản lý thực tế. Chứng cứ này nói lên: chính phủ Trung Quốc ngay từ thời triều Thanh đã không thừa nhận “Tây Sa” là lãnh thổ của mình, cũng không đảm trách công tác trị an ở đó. Còn chính quyền Việt Nam khi đó không những đã cho rằng “Tây Sa” là lãnh thổ của họ, mà còn thực thi công tác giữ gìn trật tự ở đó.
Điều đó chả phải đã chứng minh “Tây Sa” từ xưa đến nay đều thuộc về Việt Nam hay sao? Nếu bạn là đại biểu đàm phán của Trung Quốc, được huấn luyện đầy đủ về luật biển và luật quốc tế, trước những chứng cứ như thế thì phải làm thế nào? Chắc chắn sẽ muốn có cỗ máy thời gian để quay trở lại thời đó bóp chết viên tri phủ kia !...”4.
Năm 1974, Trung Quốc dùng vũ lực tấn công đánh chiếm quần đảo Hoàng Sa. Ngay sau đó, chính quyền Trung Quốc đã cử một đoàn nghiên cứu lịch sử, khảo cổ trong đó có GS. Hàn Chấn Hoa ra khảo sát một số đảo. Trong công trình do mình chủ biên, ông đã đề cập tới ngôi chùa có tên Hoàng Sa tự trên đảo Vĩnh Hưng (tức đảo Phú Lâm theo tên của Việt Nam)5.
Mặc dù tên chùa và các câu đối viết bằng chữ Hán (黄 砂 寺), nhưng lại là một trong những chứng cớ hết sức thuyết phục về chủ quyền Việt Nam trên quần đảo Hoàng Sa. Ngôi chùa này đã được báo chí Trung Quốc nói tới từ năm 1957, sau lần quân Trung Quốc đổ bộ lên Phú Lâm năm 1956, khi quân Pháp vừa thất bại trên chiến trường Việt Nam. Theo mô tả trong tạp chí "Lữ hành gia" quyển 6, xuất bản năm 1957 tại Bắc Kinh thì vào thời điểm ấy trong chùa còn ghi niên đại trùng tu vào năm Bảo Đại 14 (1939). Dựa vào những ghi chép trong bộ Đại Nam thực lục chính biên, có thể biết ngôi chùa này đã được vua Minh Mệnh ra lệnh xây theo đề nghị của Bộ Công và tỉnh Quảng Ngãi. Người được giao phụ trách công việc này là cai đội Phạm Văn Nguyên. Lính và dân phu hai tỉnh Bình Định và Quảng Ngãi đã chuyên chở vật liệu từ đất liền ra xây6.
