Nghiên cứu, xây dựng cơ sở dữ liệu nguồn gen phục vụ công tác tra cứu, quản lý bằng công nghệ Bigdata

Trường Cao Đẳng Công nghiệp Thực phẩm
ThS. Đinh Đức Lương
Đinh Đức Lương, Vũ Thị Bích Thảo, Đặng Thị Thu Trang, NGuyễn Văn Tình, Hoàng Đỗ Thanh Tùng, NGuyễn Cường, Nguyễn Thị Tâm

- Xây dựng WEBSITE cho phép quản lý, tra cứu, lưu trữ dữ liệu nguồn gen.

- Xây dựng thành công CSDL nguồn gen phục vụ cho việc quản lý lưu trữ, sắp xếp và tra cứu có áp dụng công nghệ Big Data.

- Thực hiện kiểm nghiệm chương trình trên một số nguồn gen thực vật đã được giải mã dưới dạng file FASTA từ ngân hàng genbank.

1. Kết quả điều tra, đánh giá thực trạng công tác quản lý nguồn gen

Thông qua kết quả khảo sát tại các đơn vị, nhóm nghiên cứu nhận thấy:

- Các đơn vị khảo sát đều có công tác nghiên cứu, quản lý và bảo tồn nguồn gen, bảo đảm đa dạng sinh học.

- Có đơn vị có các bộ phận chuyên làm công tác bảo tồn nguồn gen quý hiếm, nhưng đại đa số các đơn vị chỉ làm công tác nghiên cứu mà chưa thực sự quan tâm đến việc quản lý và phát triển nguồn gen.

- Các đơn vị cơ bản đều nghiên cứu gen, và quản lý trong điều kiện phòng thí nghiệm. Có một đơn vị thực hiện việc bảo tồn và quản lý nguồn gen thông qua việc trực tiếp sản xuất và nhân bản tại chỗ. Điều này cũng gây khó khăn cho việc bảo tồn bởi việc bảo tồn nguồn gen quý hiếm tại chỗ không thể đảm bảo chắc chắn nguồn gen sẽ không bị thoái hoá do nhiều nguyên nhân khác nhau.

- Trong các đơn vị được khảo sát, chỉ có một đơn vị đã quản lý nguồn gen trên các phần mềm chuyên dụng tuy nhiên, đơn vị này ngoài việc quản lý các nguồn gen này tại phòng thí nghiệm còn triển khai thử nghiệm tại các đơn vị trực thuộc.

Đề tài thành công sẽ góp một phần vào việc số hoá nguồn gen hiện có tại tỉnh Phú Thọ.

2. Kết quả đánh giá tính tương thích giữa phần cứng với phần mềm

Để triển khai đề tài, nhóm nghiên cứu tiến hành đánh giá tính tương thích giữa phần cứng với phần mềm trên cơ sở hạ tầng CNTT hiện có của đơn vị thực hiện đề tài là trường Cao đẳng Công nghiệp Thực phẩm, nội dung đánh giá:

- Tổng quan về tính tương thích giữa phần cứng với phần mềm, phần mềm với phần mềm

- Phương pháp kiểm thử cấu hình, tương thích giữa cấu hình phần cứng với phần mềm sẽ xây dựng

- Nghiên cứu, khảo sát về hạ tầng CNTT tại trường Cao đẳng Công nghiệp Thực phẩm, đơn vị chủ trì thực hiện đề tài NCKH “ Nghiên cứu, xây dựng cơ sở dữ liệu nguồn gen phục vụ công tác tra cứu, quản lý bằng công nghệ Bigdata”.

Qua nghiên cứu, tìm hiểu, chúng tôi nhận thấy rằng, với điều kiện cơ sở vật chất hiện tại của nhà trường, với sự vận hành có hệ thống trong công tác điều hành, quản lý của nhà trường ở lĩnh vực CNTT, đặc biệt, nhà trường có đội ngũ cán bộ giáo viên, giảng viên có trình độ cao đang tham gia giảng dạy và tiếp tục học tập nâng cao trình độ chuyên môn trong lĩnh vực này, nhà trường hoàn toàn có thể triển khai các đề tài, dự án liên quan đến công nghệ thông tin, cài đặt và sử dụng ngay trên nền hệ thống trang thiết bị hiện có tại trường.

3. Thiết kế và xây dựng CSDL nguồn gen

4. Thiết kế và xây dựng phần mềm

- Sử dụng phương pháp phân tích thiết kế hướng đối tượng.

- Phân tích thiết kế hệ thống sử dụng ngôn ngữ mô hình hoá thống nhất.

- Sử dụng kỹ thuật lập trình ngôn ngữ PHP và hệ cơ sở dữ liệu MySQL để xây dựng phần mềm quản lý và thiết kế các modul. Kỹ thuật đồ hoạ , kỹ thuật thiết kế tương tác người sử dụng.

- Sử dụng công nghệ Big Data.

Hệ thống được chúng tôi phát triển theo giấy mã nguồn mở với hệ điều hành Linux, web server Apache hoặc NGINX, hệ quản trị cơ sở dữ liệu MySQL và ngôn ngữ lập trình PHP với các phiên bản mới nhất. Ngoài ra , hệ thống sẽ sử dụng nhiều thư viện/plugins/API có sẵn để tăng tính tiện ích như là GoogleMap APIs, BLAST2, CakePHP,…

5. Đào tạo cán bộ điều hành, quản trị và sử dụng phần mềm

Đơn vị tập huấn: Tập huấn cho cán bộ tại trường Cao đẳng Công nghiệp Thực phẩm và Công ty cổ phần Giống vật tư nông nghiệp Công nghệ cao

Địa điểm tập huấn: Trường Cao đẳng Công nghiệp Thực phẩm

Số lượng cán bộ tham gia tập huấn: 03 người

Nội dung tập huấn: Kỹ năng sử dụng phần mềm, quản lý, khai thác, vận hành và sử dụng phần mềm bao gồm:

- Cài đặt môi trường, cài đặt phần mềm

- Khai báo danh mục

- Cập nhật thông tin

- Tra cứu thông tin

 

 

- Báo cáo, thống kê…

15 tháng từ T6/2014 – 09/2015
380 triệu đồng